Politeknik Penerbangan Jayapura mempunyai tugas menyelenggarakan program pendidikan vokasi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang penerbangan.

Politeknik Penerbangan Jayapura menyelenggarakan fungsi:

1. penyusunan rencana dan program pendidikan;
2. penyelenggaraan pendidikan vokasi di bidang penerbangan;
3. pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada
4. masyarakat;
5. pelaksanaan pemeriksaan intern;
6. pelaksanaan dan pengembangan sistem penjaminan mutu;
7. pengelolaan administrasi akademik dan ketarunaan;
8. pengelolaan urusan keuangan, umum, dan kerja sama;
9. pengembangan program dan data pembelajaran;
10. pelaksanaan pembangunan karakter;
11. pengelolaan unit penunjang dan pelaksanaan
12. pengembangan usaha;
13. pembinaan sivitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan; dan
14. pelaksanaan evaluasi dan pelaporan.