Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Politeknik Penerbangan

Jayapura menyelenggarakan fungsi:

1. penyusunan rencana dan program pendidikan;
2. penyelenggaraan pendidikan vokasi di bidang penerbangan;
3. pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
4. pelaksanaan pemeriksaan intern;
5. pelaksanaan dan pengembangan sistem penjaminan mutu;
6. pengelolaan administrasi akademik dan ketarunaan;
7. pengelolaan urusan keuangan, umum, dan kerja sama;
8. pengembangan program dan data pembelajaran;
9. pelaksanaan pembangunan karakter;
10. pengelolaan unit penunjang dan pelaksanaan pengembangan usaha;
11. pembinaan sivitas akademika dan hubungannya dengan lingkungan; dan
12. pelaksanaan evaluasi dan pelaporan.