Pada Tahun 1985 Direktorat Jenderal Perhubungan Udara mulai merintis pembangunan, melalui bantuan UNDP dalam bentuk proyek dengan judul proyek : DEVELOPMENT OF HUMAN RESOURCE, IRIAN JAYA CIVIL AVIATION ACADEMY Nomor Proyek : INS/84/010/A/01/15.
Pada tahun 1989 melalui Keputusan Menteri Perhubungan No.KM.22 Tahun 1989 tentang Pendirian Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura.
Tahun 2017 Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura mengalami Perubahan Organisasi dan Tata Kerja yang tertuang dalam peraturan Menteri Perhubungan No PM 94 Tahun 2017, dalam hal ini juga ditetapkan Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura sebagai Lembaga Badan Layanan Umum(BLU).
Pada Tahun 2019, Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura mengalami perubahan nomenklatur dan kelembagaan dengan turunnya peraturan Menteri Perhubungan PM 28 Tahun 2019 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Politeknik Penerbangan Jayapura, dan sampai saat ini yang masih dikenal sebagai kampus Politeknik Penerbangan Jayapura.
Politeknik Penerbangan Jayapura menghasilkan tenaga profesional yang siap bekerja di sektor penerbangan.
Sebagai salah satu kampus favorit calon mahasiswa/i baru di Papua, Poltekbang Jayapura memainkan peran penting dalam menghasilkan sumber daya manusia yang berkualitas di bidang penerbangan.
Visi dan Misi Poltekbang Jayapura
Tahun 2023 menjadi politeknik penerbangan terbaik di Asia Pasifik
In 2023 to become the best aviation polytechnic in asia pasific