Satuan Penjaminan Mutu internal Politeknik Penerbangan Jayapura merupakan upaya dalam mempertahankan dan meningkatkan mutu, baik di bidang akademik, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, serta bidang pendukung lainnya.
Tugas Satuan Penjaminan Mutu yaitu merencanakan dan melaksanakan sistem penjaminan mutu secara keseluruhan di Politeknik Penerbangan Jayapura, membuat perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan sistem penjaminan mutu, memantau pelaksanaan sistem penjaminan mutu, memeriksa, mengevaluasi pelaksanan jaminan mutu, dan melaporkan secara berkala sistem penjaminan mutu di Politeknik Penerbangan Jayapura.